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新型冠狀病毒肺炎的核酸檢測，檢測是病毒的RNA，病毒的RNA比較具有特異性，不會與其他病毒相混淆，因此一般情況下的扁桃體炎不會影響或干擾核酸檢測。另外，新型冠狀病毒肺炎的體征表型比較多，部分病人沒有癥狀，僅是嗅覺減退，但部分病人以咽部的異物感為主要表現，而扁桃體炎無論是病毒性，還是細菌性，或是過敏的原因引起扁桃體炎，都會伴有不同程度的咽干、咽癢、煙異物感，因此并不具有特異性。扁桃體炎是否影響核酸檢測結果，需要確定是否單純的患有扁桃體炎，還是感染新型冠狀病毒肺炎后的咽部表現，避免混淆。