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腦缺血一般在血供較豐富部位，如大腦前動脈以及基底節丘腦等。MRI不是能對所有腦神經顯示，僅僅能顯示較粗大的三叉神經、視神經、聽神經以等。腦出血導致的神經損害的病理基礎為血管損害導致腦組織缺血缺氧，引起組織壞死、功能不全，以至于相應的神經和認知功能的改變，壞死的神經并不局限于一根，故MRI不能很好顯示。對于腦缺血梗死患者，損傷的一般為神經末稍或神經纖維，所以主要評估腦組織恢復、營養不良情況以及恢復供血后大腦局部功能等情況。對于大腦功能的評估，目前常使用特殊序列，如DW1序列，可以觀察水分子在腦區的運動情況判斷血管與血管、組織與組織間的情況；使用ASL序列判斷局部血供恢復情況；黑血序列判斷局部血流灌注情況。大腦組織耗氧量巨大，當腦區供血充足腦組織營養就能得到滿足，再生能力更強，同時結合患者自體運動狀況、感覺狀況綜合評價腦區恢復能力和程度。