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心源性栓塞是指栓塞產生的部位為心臟，如房撲、房顫時，因為心臟心房出現不同程度蠕動，血液在心房中可能產生斷流或渦流等非正常流動，導致微小血栓產生。血栓一旦隨著心臟收縮，并脫落到全身組織臟器，便會引起臟器栓塞。臨床中常見的房顫，容易引起腦卒中，通常是由于部分小型栓子經動脈系統流入腦血管中時所致。成人較為常見的是卵圓孔未閉，即患者左右心房之間存在一處通道，某些未經肺循環的靜脈血栓通過卵圓孔流入左心房，而后通過血液循環流入大腦，從而引起缺血性腦卒中。部分患者還存在擴張型心肌病，即左心腔或右心腔內已經形成血栓，血栓脫落進入肺臟，導致心源性肺栓塞，或脫落進入全身任意臟器導致栓塞表現，此類血栓的源頭都來自心臟，故稱心源性栓塞。