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手足口病在臨床上根據患兒典型的臨床癥狀，如發熱，手、口、足、臀部出現皰疹等，結合流行病學史可作出臨床診斷。進一步確診需要實驗室檢查，常見的有兩種方法，第一種是核酸檢測，從患兒口腔取咽拭子做核酸檢測，或者糞便做核酸檢測，可明確病毒的類型，進而確診。第二種是抗體檢測，手足口常見病毒的抗體在恢復期有4倍升高，可明確診斷。