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乙肝有潛伏期，通常為1-6個月，平均是3個月。傳染病均為病原體入侵到靶器官，進而造成的疾病，這段時間即為潛伏期。 人體感染乙肝病毒后，無論是通過血緣還是醫源性暴露，該病毒均能隨著血流到肝臟。乙肝病毒對肝細胞有特殊的侵蝕力，即肝臟是乙肝病毒主要聚集部位，所以乙肝病毒是嗜肝病毒。乙肝病毒到達肝臟后進入肝細胞開始繁殖，繁殖出來的下一代又侵犯新的肝細胞。人體免疫系統對乙肝病毒侵犯的肝細胞進行免疫攻擊時，肝細胞膜可被破壞，轉氨酶即可釋放，也可引起臨床常見的黃疸。