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晚期胃腸道間質瘤通常根據具體情況選擇合適的靶向藥物，如一線、二線、三線、四線都有一定的標準，低危、中危和高危是根據術后的危險度分級來決定輔助治療。一旦復發轉移，通常屬于晚期的間質瘤治療，應按照一線、二線、三線、四線的推薦來選擇靶向藥物。根據美國NCCN和中國CSCO指南(中國臨床腫瘤學會)的推薦，瑞派替尼是晚期胃腸道間質瘤四線治療的標準，也是目前國內唯一獲批用于胃腸道間質瘤四線治療的藥物，能夠延長伊馬替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼耐藥以后患者的生存期，改善患者的生活質量。根據2022年最新版《CSCO胃腸道間質瘤診療指南》，對于伊馬替尼一線治療失敗的晚期胃腸道間質瘤，在二線也可以考慮使用瑞派替尼，這是新的選擇推薦級別。研究顯示，對于既往接受過伊馬替尼治療的晚期胃腸道間質瘤患者，瑞派替尼在二線使用時，無進展生存期與舒尼替尼相當，但是有更高的客觀緩解率，尤其是對外顯子11突變患者有良好的安全性和耐受性，具體使用的藥物應結合臨床，由醫生面診指導為準。