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病毒性腦炎恢復期時間長短與病毒引起的炎癥反應導致的腦細胞損傷有很大關系。恢復期從半個月到半年不等，損傷比較輕微的即急性期的時候只表現為發熱、頭痛、頭暈一類的病人恢復一般比較好。如果炎癥反應明顯，大腦損傷嚴重，即急性期的時候表現為持續高熱、意識障礙、抽搐、癱瘓、感覺障礙、驚厥等，這一類病人預后比較差，恢復時間可能也比較長，遺留肢體癱瘓，運動、感覺障礙會比較重，半年之后還沒有完全恢復則屬于后遺癥期。恢復程度有以下幾個影響因素： 1、患者在高峰期表現出的癥狀越嚴重，恢復的越慢； 2、患者頭顱磁共振顯示病變范圍越廣泛，累及的部位越多，恢復時間越長； 3、急性期腦電圖輕微或者中度異常，恢復比較快。但是如果腦電圖呈持續性、廣泛的重度異常，病情比較嚴重，恢復期相應會比較長。