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孤獨癥的原因，目前還不是很清楚，關于病因學仍在探討中，通常認為是遺傳因素和環境因素相互結合，導致孤獨癥的發生，其常見原因如下：1、遺傳因素：孤獨癥是腦發育異常的疾病，在疾病分類學里面，將孤獨癥分到神經發育異常類目，而發生過程中最主要的因素是遺傳因素；2、環境因素：可能與腦內的神經遞質有關，出現重要神經代謝遞質的異常紊亂，也可能是腦的結構與功能異常，或者與免疫因素有關。還可能和母親在懷孕、生產中的不利因素有關系，比如母親在懷孕時吸煙或不良接觸，比如射線等，懷孕期間有病毒感染，以及生育過程中有新生兒的窒息、胎兒的胎糞吸入、產位不正等。