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目前大多數胃腸道間質瘤病例都具有C-KIT或者PDGFRα基因突變的情況，這兩類基因突變會導致細胞異常增生。但是胃腸道間質瘤的具體發病機制至今不明確。誘發胃腸道間質瘤的病因可能與生活習慣、飲食習慣、環境因素和遺傳因素等有一定關系，但是關聯性比較弱。1、生活習慣：各種不良的生活習慣，比方說一日三餐不規律、熬夜、暴飲暴食、抽煙、喝酒等，容易造成機體免疫力下降，增加患病的幾率；2、飲食習慣：經常吃一些腌制的，或者是熱燙、熏烤的食物，如吃的特別咸、特別燙等，這些都屬于不良的飲食習慣；3、環境因素：處于化學工業比較發達的地區，空氣被污染，甚至空氣中還會有致癌的成分存在；4、遺傳因素：如果說家族當中有患過胃腸道間質瘤的成員，就會增加胃腸道間質瘤的遺傳易感性。近90%的胃腸道間質瘤都是因為兩種基因突變導致的，一個是C-KIT基因，一個是PDGFRα基因。這兩個基因突變之后生成的異常蛋白不依賴配體即可生成二聚體，導致酪氨酸激酶自磷酸化持續激活下游的信號通路，造成細胞失控性增生，最終形成了間質瘤。