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兒童骨腫瘤的病因多種多樣，主要原因包括內因和外因。 內因為兒童本身的基因背景，如部分兒童骨腫瘤具有遺傳性，由患者父輩基因的遺傳導致。另外部分腫瘤是內因和外因相互作用的結果，如有些兒童的基因本身存在一定不足，如果再遇上污染、放射性的東西等導致的基因改變的外因后就會導致腫瘤的發生。 總的來講，目前兒童骨腫瘤病因尚未完全明確，但基本與其它腫瘤相似，均為基因改變所致。和成人腫瘤不同的是，兒童腫瘤的一般基因學改變相對簡單單一，其治療也和基因的改變有所關聯。