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懷疑有肝癌的患者確定是否是肝癌，早期確診的方法只有一種，就是活檢。即從體內將腫塊取出一部分拿到體外，進行鏡下的免疫學分析，甚至進行分子生物學的相關分析，此情況下才是唯一確診且百分百確診肝癌的辦法。但是近幾年隨著影像學的進展，醫學界達成了共識。對于肝細胞癌，有時也可以不需要進行穿刺活檢，可以依靠兩種以上的影像學而確定是肝癌，也可以作為肝癌比較確定的診斷性指標。例如進行增強的CT，結合增強的磁共振，如果兩個影像學都毫不猶豫地指向肝癌，一般可以作為肝癌的確診指標。除了穿刺活檢以外，現在對于診斷肝癌的方法較多，除了前面提到的增強CT或者增強磁共振以外，還包括現在敏感度很高的磁共振普美顯檢查以及超聲造影的檢查。同時再結合部分血液學的腫瘤標志物，最常用的是甲胎蛋白。現在還有部分新的指向肝癌的腫瘤標志物，上述指標綜合起來，可以對肝癌的診斷提供非常可靠的參考。