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CT和MRI(核磁共振)各有優點和不足，對頭部疾病診斷價值各不相同。急性期顱內出血對CT檢查敏感，可做出明確診斷，無需進行核磁共振。腦梗死時首先行CT檢查可以明確，但在超急性期需行核磁共振檢查。 頭部外傷時CT是首選影像學檢查方法，可以清楚顯示顱骨骨折、腦挫裂傷、顱內血腫，但CT對彌漫性軸索損傷檢查，檢出敏感性較低，此時需要進行核磁共振明確診斷。 顱內腫瘤檢查核磁共振具有明顯優勢，尤其是結合增強掃描，多種功能成像檢查手段可以顯示腫瘤形態、內部結構、侵犯范圍、血供等多方面信息。 對于顱內炎癥和脫髓鞘疾病，雖然CT平掃和增強掃描可以診斷部分顱內炎性病變，但核磁共振能更敏感顯示炎癥范圍、炎癥內部改變和周圍組織改變，且可以清晰顯示脫髓鞘疾病范圍及病變發展階段，所以即使進行了CT檢查，還要進行核磁共振檢查。