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先天性心臟病可發生遺傳，但先天性心臟病發病機制較復雜，普遍觀點認為因遺傳與環境因素相互作用所導致。根據有關資料介紹，單純遺傳因素占比8%，單純環境因素占比2%，而環境因素與遺傳因素相互作用可占比90%，因此單純遺傳因素致病幾率較低。 臨床上父母雙方患有先天性心臟病時，子女患病幾率較低。通常家族中一名成員患有先天性心臟病，其他人成員患有先天性心臟病的幾率上升至3%；兩名成員患有先天性心臟病，幾率則上升至9%；三名成員均患有先天性心臟病，其他成員患有先天性心臟病可能性上升至50%。