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益生菌和益生元是臨床上常用的兩類藥物，目前常用的益生菌包括雙歧桿菌、地衣芽孢桿菌、枯草桿菌。這類藥物可以定植在體內的某些部位與體內的有害菌群相互競爭，增加體內有益菌群的數量，可以調節人體內菌群盡量趨近于正常。 益生元本身是一類胃腸道不吸收的物質，可以對體內的益生菌起到營養支撐的作用。益生元可以作為益生菌的養料或原料，體內本來就有很多益生菌，有時體外可以相應的補充益生菌，體內需要營養成分，而益生元恰好可以輔助促進益生菌的增長。這樣能夠更多地提高益生菌的效果，所以兩者有相輔相成的作用。益生元既可以輔助體外所使用的益生菌的效果，也可以增加體內的有益菌群的生長，起到輔助治療效果。