孕期濫用藥物、接觸化學物質或用藥不當，將會導致胎兒的器官形態構造異常。尤其是在受孕后第3周到第14周是胚胎發育期，此時期最易致殘致畸，孕婦應特別注意。在被調查的33萬畸形新生兒中，發現因服藥不當所致者為1萬余例，為此專家呼吁每位待產媽媽對孕期用藥必須予以重視，并列舉了容易導致胎兒畸形的藥物：

 
　　中藥方面：

　　妊娠期應用中藥禁忌，從藥物的性能來說，主要是忌活血破氣、滑利攻下、芳香滲透、大熱有毒之品。

　　⑴活血破氣類：桃仁、紅花、三棱、莪術、澤蘭、蘇木、劉寄奴、益母草、牛漆、水蛭、虻蟲、乳香、沒藥等等。因"血活"可使血液循環加速，"迫血隨氣行"，氣亂則無力固胎。

　　⑵滑利攻下類：滑石、冬葵子、甘遂、大戟、芫花、薏苡根、巴豆、牽牛子、木通等。此類藥物多具通利小便、瀉下通府的作用。有傷陰耗氣之弊。陰傷則胎失所養，氣耗則胎失固攝，胎兒易下墜。

　　⑶大辛大熱類：附子、肉桂、川烏、草烏等，這些藥物辛熱而燥，辛熱走竄迫血妄行，燥能傷津，對胎兒不利，且多有不同程度的毒性，有墮胎之弊。

　　⑷芳香滲透類：如麝香、草果、丁香、降香等，多辛溫香躁，有疏通氣機的作用。氣行則血行，以致迫胎外出。

　　⑸有毒之品：如水銀、朱砂之類，有直接傷胎、腐胎的作用，當嚴禁使用。

　　西藥方面：

　　⑴激素類藥物。尤其是性激素易引起胎兒器官畸形。乙烯雌酚可使女嬰男性化、男嬰女性化；孕酮、睪丸酮類激素可使女嬰男性化。腎上腺皮質激素也可引起胎兒各種畸形。

　　⑵各種鎮吐藥。懷孕早期由于反應性嘔吐，如服用鎮吐藥也有致畸的危險。這類藥包括異丙嗪、氯丙嗪、三氟拉嗪、氯苯甲嗪等，可致胎兒心臟發育受阻而患先天性心臟病。

　　⑶解熱鎮痛藥。這類藥可致胎兒軟骨發育不全、腦積水、畸形足和先天性心臟病、智商和注意力較同齡人低，同時令胎兒的神經系統和腎臟也受到影響。這類藥包括阿司匹林、安乃近、非那西丁，以及含有此類成份的復方制劑。

　　⑷抗生素類藥。如四環素可致胎兒畸形、牙齒變黃，還能引起先天性白內障、長骨發育不全。鏈霉素和卡那霉素可致先天性耳聾、腎臟受損。氯霉素可致胎兒骨骼機能抑制，致使新生兒肺出血。

　　⑸抗腫瘤藥。如氯甲喋呤、白消安、6-巰基嘌呤和環磷酰胺可致胎兒顱骨骨化不全、腭裂、腦積水、指趾畸形。另有報道，兒童應慎服氟哌酸，理由是此藥會影響兒童骨骼生長。那么孕婦也應該慎用此種藥。一般來說受孕后第3周到第14周是胚胎發育期，此時期最易致殘致畸，孕婦應特別注意。