患有某些遺傳代謝性疾病，如半乳糖血癥的嬰兒，是絕對不能吃母乳的。
　　半乳糖血癥是一種先天性酶缺乏而引起的代謝性疾病，由于缺乏酶，人乳中的乳糖不能很好地代謝，乳糖代謝不完全的產物是一些有毒的物質，這些物質聚集在體內，就會影響神經中樞的發育，造成孩子智力低下、白內障等。所以在對新生兒喂奶時，如嬰兒出現拒乳、嚴重嘔吐、肝臟腫大等表現時應當及時請兒科醫師診治。孩子有白內障時，要高度懷疑本病。一旦懷疑是半乳糖血癥，就要停止喂奶類食品，改用大豆制品喂養。

　　另外還有兩種不能完全用母乳喂養的疾病，一是苯丙酮尿癥，另一種叫楓糖尿癥。這兩種病都是氨基酸代謝異常的疾病，如果全部用母乳或動物乳汁喂養嬰兒，孩子也會出現智力的障礙。預防智力障礙的方法就是調整飲食中的氨基酸含量，減少母乳喂養，給予治療食品，患這兩種病的孩子，小便中有很特殊的氣味，嬰兒還會出現喂養困難、反應差等表現。

　　至于嬰兒患其它疾病時，是用不著停喂母乳的。