引起陰莖珍珠狀丘疹的病因及發病率尚未明了。有學者認為本病癥屬于一種生理發育的異常。也有學者認為與包皮過長有關，如陳雪等調查發現男性青年中包皮過長者陰莖珍珠狀丘疹的發病率明顯高于包皮正常者。還有學者認為該病癥可能與HPV感染有關，但Ferenczy等和張開金等檢測了病變組織中HPV，結果無HPV。作者觀察認為患者包皮過長、局部衛生狀況差、冠狀溝分泌物及污垢的長期刺激或其他因素如感染等引起的局部紅腫等炎性反應可能是造成本病癥的直接原因。

　　陰莖珍珠狀丘疹的發病率各家報告不一。國外報道在正常男性人群中本病癥為8.3％-30.1％。國內陳鳳崗等調查在239例男性(不包括包莖與性病患者)中發現159例，發病率為66.53％。張開金等在917例中發現220例，發病率為24％。陳雪等在2037名婚前體檢的男性青年中發現786例，發病率為37.92％。作者在性病門診中調查276例，發現109例，發病率為39.49％。這些調查結果均表明陰莖珍珠狀丘疹在臨床上是一種常見的病癥。